Se esforzó sobre todo en cuatro temas:
- Doctrina.
- Reestructuración eclesiástica, con la fundación de seminarios.
- Modificación de las órdenes religiosas, haciéndolas volver a sus orígenes espirituales.
- Vigilancia de los movimientos espirituales, centrándolos en la vida piadosa y en una relación personal con Cristo. Esto incluía a los místicos españoles y a la escuela de espiritualidad francesa.
La Contrarreforma, para algunos, no difería en forma sustancial de aquello que buscaba la Reforma protestante a la hora de renovar la Iglesia. Sin embargo, en cuestiones teológicas era completamente opuesta. Los esfuerzos reformistas de Pablo IV se basaron en el autoritarismo, apoyado en el Derecho Canónico y las encíclicas papales. Dos de sus herramientas fueron la Inquisición, institución creada por el Papa Gregorio IX en el siglo XIII para investigar y juzgar a los acusados de herejía o brujería, y la censura, con la creación del índice de libros prohibidos.
Entre otras medidas efectivas sobre liturgia, administración y enseñanza religiosa, se tomaron las siguientes:
- Nombrar cardenales y obispos de gran integridad moral, como San Carlos Borromeo, arzobispo de Milán.
- Crear seminarios en muchas de las diócesis, lo que garantizó la uniformidad teológica.
- Crear reuniones religiosas informales, que se convirtieron posteriormente en los oratorios.
- Redactar un nuevo catecismo.